亲子鉴定古已有之，古人有“滴血验亲”的说法，认为如果两个人的血液能够在水这种载体中相融的话就存在血缘关系；如果相互排斥就不存在血缘关系，北宋真宗年间包拯就利用此法证明了赵桢乃真宗的亲生儿子，其实这是一种极粗糙、不科学的鉴别方法，肯定的准确率只有60%，否定的准确率稍高一些。
到了20世纪20年代早期，科学家根据血液中某些称为抗原的蛋白质的存在，确定了人类中4种不同的血型--A，AB，B和O. 血液分型系统称为ABO系统，为医生提供关于患者的重要信息，科学家们同时意外意识到血型是生物学遗传的，可以根据亲生父母的血型来预测孩子的血型。
1930年，科学家在血细胞表面发现了可用于识别人的其他蛋白质。Rh，Kell和Duffy血型系统，如ABO血液系统，通过这种血清学检测的方式来解决质疑的生物关系。
在二十世纪七十年代中期，科学家专注于组织分型并发现了人类白细胞抗原（HLA），这是一种存在于体外的蛋白质，除了红细胞外。发现血液中发现的白细胞具有高浓度的HLA。还发现存在许多不同类型的HLA，并且不同HLA类型在不具有生物学相关性的人之间变化。今天，HLA，ABO和血清学不常用于关系测试，并已被更强大的DNA方法取代。
1980年代科学家们开发出了RFLP DNA。与HLA，ABO和血清学检测一样，DNA也是从亲生父母的遗传基因遗传的。科学家发现DNA中的区域变异很大（多态），并且比HLA和血液蛋白更具区别性。除红细胞外，DNA存在于体内的每个细胞中。这些属性使DNA测试成为解决质疑生物关系的理想选择。
在20世纪90年代早期，聚合酶链式反应（PCR）DNA测试取代了RFLP分析，用于常规关系测试。将样品递送到实验室的一天内，PCR测试比RFLP生成结果快得多。PCR靶向DNA中称为STRs（短串联重复序列）的区域，其具有高度可变性。在亲子鉴定中，对母亲，孩子和所谓的父亲进行测试，除非有突变，否则孩子的DNA应该与生物父母相匹配。
到了2000年，科学家们能够将数千个SNP（单核苷酸多态性）基因座组合成一个单一的测试。SNP是DNA中的字母变化，可用作各种应用的遗传标记。通过位点匹配的方式判断血缘关系。
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