1、提交申请材料
企业应先与认证机构取得联系，按照认证机构的要求提交相关的申请材料，申请材料包括以下文件：
(1) 申请书
(2) 企业的法律地位证明文件
(3) 厂区平面图(包括污染物排放点分布图)
(4) 环境因素及重大环境因素清单(对应至每一职责部门或运行活动单元、涵盖三种状态和三种时态)
(5) 国家及行业适用的法律、法规和强制性标准(名称、编号、发布版本/时间)清单
(6) 环评批复、“三同时”验收报告(适用时)
(7) 主要污染物，执行的排放标准及类(级)别
(8) 主要污染物监测报告(适用时)
(9) 排污许可证(适用时)
(10) 受审核方的环境管理体系所覆盖的活动区域;需要时提供管网示意图(至少包括污水、雨水管)并注明各排污口
(11) 主要污染物处理流程示意图/处理方法(需要时)
2、签定认证合同
申请材料提交到认证机构后，需要经过机构评审，有问题的材料还需要按照要求整改重新提交直至机构审核通过，之后双方签定认证合同。
3、审核前沟通准备
认证合同签定完成后，申请认证企业按照合同约定交付认证费用，认证机构按照流程组建审核组成员，审核组长应提前联系企业负责人，沟通审核行程、发送审核计划等，企业需做好迎审的准备工作。
4、现场审核
审核组依据认证标准、相关法律法规、企业执行的相关体系文件等进行现场审核，形成审核报告、开具不符合项，与企业沟通终形成的审核报告。
5、不符合整改、颁发证书
企业的不符合应按照要求进行整改，提交不符合整改措施结果，审核老师验证后关闭不符合项，认证机构做出是否推荐注册的终决定，并根据决定给企业颁发认证证书。